Nadie sabe con seguridad cuándo y dónde se originó el Bobtail japonés, pero se cree que los antepasados de los actuales gatos Bobtail japoneses viajaron desde Corea y China hasta Japón alrededor de principios del siglo VI. Lo más probable es que se mantuvieron a bordo de los barcos para proteger los preciosos bienes de seda y los documentos que se transportaban de puerto a puerto. Se desconoce si estos gatos marinos tenían o no la cola enrollada; el origen de su mutación de la cola enrollada probablemente nunca se sabrá. Sin embargo, es evidente que la raza ha estado mudando en el Lejano Oriente durante muchos siglos, ya que el folclore japonés temprano contiene numerosas referencias a los gatos de cola corta. Los gatos de cola corta se pueden encontrar en grabados japoneses en madera y serigrafías del período Edo (1603-1867), por lo que no sólo eran muy conocidos en Japón, sino que ya en el siglo XV eran apreciados por su gracia y belleza, y se mantuvieron en los templos y hogares de las familias imperiales japonesas durante muchos años. Se puede decir con seguridad que el Bobtail japonés es una de las razas de gatos más antiguas que existen, con una historia tan rica en leyendas y folclore como el país en el que se desarrolló. Los gatos de cola bifurcada nacidos con un patrón particular de marcas rojas, negras y blancas, llamados Mi-Ke (pronunciado mee-kay, que significa “tres pelos” en japonés) se consideraban afortunados; estos gatos eran particularmente apreciados. La historia más famosa sobre el Mi-Ke es la leyenda de Maneki Neko, que significa “gato que hace señas” en japonés. Según la historia, un gato tricolor de cola corta llamado Tama vivía en el pobre templo de Kotoku en Setagaya, Tokio. El monje a menudo compartía su escasa comida con su amada gata para asegurarse de que tuviera suficiente para comer. Un día, el Señor Ii Natotaka se vio atrapado en una tormenta de lluvia cerca del templo. Mientras se refugiaba bajo un árbol cercano, notó que Tama le hacía señas desde la puerta del templo. Un momento después de dejar el árbol en respuesta al gesto de bienvenida del gato, el árbol fue golpeado por un rayo. Como Tama le había salvado la vida, el Señor Ii Natotaka tomó el templo como propio de su familia, trayéndole gran prosperidad. El señor renombró el templo como Gotokuji y construyó un nuevo y gran edificio. Tama, venerado por traer tan buena fortuna, vivió su vida con comodidad y fue enterrado con honores en el cementerio del templo. Otras leyendas sobre Maneki Neko abundan, pero todas asocian al gato con la buena suerte y la prosperidad. Las pinturas en serigrafía y otras obras de arte de Maneki Neko fueron particularmente populares en el período Edo. Hoy en día, las figuras de Maneki Neko se pueden encontrar en muchas tiendas, restaurantes y otros negocios japoneses como amuletos para traer buena suerte y éxito. Estas figurillas muestran claramente la cola enrollada, el patrón tricolor y la pata levantada que llama la atención. Los Bobtails japoneses podrían haber permanecido como gatos reales mimados si no fuera por la industria japonesa de la seda. Alrededor del siglo XV, cuando las crecientes poblaciones de roedores amenazaron con destruir los gusanos de seda y sus capullos de los que se cosechaba la preciada seda, el gobierno japonés ordenó que los gatos fueran liberados para proteger la industria de la seda. Después, los Bobtails japoneses se convirtieron en gatos callejeros y de granja, y después de muchos años de supervivencia en las calles y granjas de Japón, la selección natural convirtió al Bobtail japonés en un gato resistente, inteligente y adaptable. Hasta hace poco, el Bobtail japonés era considerado un gato de trabajo común en su tierra natal.
El Bobtail japonés llegó a América del Norte en 1968. En 1969, la CFA aceptó el registro del Bobtail japonés. En 1971, se le concedió a la raza un estatus provisional, y en 1976, al Bobtail japonés se le concedió el estatus de campeonato de la CFA. Hoy en día, todas las asociaciones norteamericanas aceptan la raza para el campeonato.